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像苹果这样的水果会随着时间的推移腐烂和腐烂。霉菌和真菌导致的降解速度最快，但即使将苹果暴露在高温下也会导致其氧化。瘀伤和刺伤是霉菌和真菌滋生的最快途径。不同的病原体对腐烂的苹果有不同的影响。

氧化

苹果果肉含有称为酚类的化合物，当暴露在空气中时会与氧气发生反应。一旦苹果的表皮破裂，这些化合物就会暴露在氧气中，而苹果中称为多酚氧化酶的酶会引起褐变反应。防止苹果片变褐的一种方法是将它们存放在酸性水中——将一份柠檬汁加入五份水中以防止苹果变褐。冷藏还可以减缓褐变过程。

苹果腐烂

真菌可以抓住苹果，特别是通过刺破苹果表皮的伤口或其他伤口。苹果腐烂最常见的原因是真菌 Penicillium expansum 和 Monilinia fructigena。这些真菌以构成苹果的细胞为食并杀死它们。真菌产生分解苹果果胶的果胶酶，将细胞的营养物质暴露给真菌。不同的真菌和霉菌会产生不同的腐烂破坏模式。

湿度、光和热

环境因素会影响苹果腐烂的速度。将苹果存放在凉爽的地方会减缓腐烂的发生，但不会减少长时间的损坏程度。适度的湿度不会加速腐烂。虽然苹果需要光才能成熟，但导致腐烂的真菌和霉菌不需要光。不伴随热量的光不应加速苹果腐烂。